Gastrik bypass laparoskopik yöntemle kapalı olarak yapılır. Karın bölgesine açılan küçük kesilerden girilerek ameliyat gerçekleştirilir. Gastrik bypass ameliyatında iki basamak vardır. İlk işlem, midenin küçültülmesidir. Mide üst kısmı küçük, alt kısmı büyük olacak şekilde ikiye ayrılır. Midenin üst kısmı (küçük kese) alınan gıdaların gideceği yerdir. Ayrılan midenin büyük kısmı tüp mide ameliyatında olduğu gibi çıkarılmaz karın içinde kalmaya devam eder. İkinci işlem, bypass işlemidir. İnce bağırsağın bir bölümünü sindirim yolundan çıkararak besinlerin emilim yolu kısaltılır. İnce bağırsağın ilk kısmı atlanarak ikinci kısmı midede oluşturulan küçük keseye bağlanır.